در سال ۱۳۵۸ به منظور ادامه تحصیل به مصر رفته و در دانشگاه عین الشمس واقع در شهر قاهره در رشته ادبیات عرب مشغول به تحصیل شد. مقارن با بازگشایی دانشگاه‌ها به ایران بازگشته و در دانشکده الهیات و معارف اسلامی دانشگاه تهران به تحصیل پرداخت و از همان‌جا به نقد متون فقهی و تفسیرهای قرآنی در مورد حقوق زنان علاقه‌مند شد. اولین تجربه‌های روزنامه‌نگاری را با مجلهٔ زن روز در سال ۱۳۶۷ آغاز کرد. مقارن با همین دوره او و گروهی از زنان انقلابی مسلمان که به نقش و موقعیت زنان اعتراض داشتند «گروه مطالعات و بررسی مسائل زنان» را تاسیس کردند. ایشان چند سال سر دبیر مجله فرزانه بودند. محبوبه کمپین‌های گوناگونی نظیر: قانونی بی سنگسار، منشور زنان ایران و… را بنیان گذاشت و به فیلم سازی آلترناتیو و پژوهشگری در حوزه جنسیت و جنبش‌های اجتماعی روی آورد. هم‌زمان با اوج گرفتن مبارزات مردمی، از سال ۱۳۸۹ و سرکوب‌های دولتی پس از وقایع عاشورای ۱۳۸۹ ؛ محبوبه عباسقلی‌زاده بر اثر فشارهای سیاسی و امنیتی، اجباراً به خارج از کشور مهاجرت و در ۲۵ اردیبهشت سال ۸۹ به صورت غیابی در دادگاه انقلاب، به دو سال و شش ماه حبس محکوم شد.